任何一種熱切割技術,除少數情況可以從板邊緣開始外,一般都必須在板上穿一個小孔。光纖激光切割機之前在激光沖壓復合機上是用沖頭先沖出一個孔,然后光纖激光切割機再用激光從小孔處開始進行切割。對于沒有沖壓裝置的激光切割機有兩種穿孔的基本方法：

光纖激光切割機爆破穿孔——材料經連續激光的照射后在中心形成一個凹坑,然后由與激光束同軸的氧流很快將熔融材料去除形成一個孔。一般孔的大小與板厚有關,爆破穿孔平均直徑為板厚的一半,因此對較厚的板爆破穿孔孔徑較大,且不圓,不宜在加工精度要求較高的零件上使用,只能用于廢料上。此外由于穿孔所用的氧氣壓力與切割時相同,飛濺較大。

光纖激光切割機脈沖穿孔——采用高峰值功率的脈沖激光使少量材料熔化或汽化,常用空氣或氮氣作為輔助氣體,以減少因放熱氧化使孔擴展,氣體壓力較切割時的氧氣壓力小。每個脈沖激光只產生小的微粒噴射,逐步深入,因此厚板穿孔時間需要幾秒鐘。一旦穿孔完成,立即將輔助氣體換成氧氣進行切割。這樣穿孔直徑較小,其穿孔質量優于爆破穿孔。為此光纖激光切割機所使用的激光器不但應具有較高的輸出功率；更重要的是光束的時間和空間特性,因此一般橫流CO2激光器不能適應激光切割的要求。此外脈沖穿孔還須要有較可靠的氣路控制系統,以實現氣體種類、氣體壓力的切換及穿孔時間的控制。
光纖激光切割機在采用脈沖穿孔的情況下,為了獲得高質量的切口,從工件靜止時的脈沖穿孔到工件等速連續切割的過渡技術應加以重視。從理論上講通?？筛淖兗铀俣蔚那懈顥l件,如焦距、噴嘴位置、氣體壓力等,但實際上由于時間太短改變以上條件的可能性不大。光纖激光切割機在工業生產中主要采用改變激光平均功率的辦法比較現實,具體方法是改變脈沖寬度；改變脈沖頻率；同時改變脈沖寬度和頻率。實際結果表明,第3種。